お風呂が嫌いになってしまった

しろたんさん、こんばんは。
ご相談いただきありがとうございます。
お子さんがお風呂に入り、強く泣かれてしまうことが増え、悩まれていらしたのですね。
お気持ちお察し致します。お風呂に入れるのが大変になってしまいましたね。

確かに、目に泡が入ったことが影響しているかもしれませんが、
赤ちゃんがどの程度記憶できているかは、疑問があります。
3ヶ月の赤ちゃんであれば、今、現在の嫌！が泣きの直接的な要因になっているような印象です。

ハッキリとした理由はわからないのですが、赤ちゃんが入浴を嫌がる様になる理由として考えやすいものとしては以下のものが考えられます。
・お湯が熱い
▷赤ちゃんは大人がこれではぬるいかな？と感じるくらいで十分です。シャワー温度いかがでしょうか？
・肌のトラブル
▷湿疹やお尻かぶれがあると、痛みを感じますよ。
洗われるのが嫌な場合、しみたりするかもですね。

保湿が終われば、泣きが軽快するのであれば、あまり気にせず、淡々と短時間でこなしていきましょう！
よろしくお願いします。

そうですね、お子さんにも意思があるでしょうし、もちろん短期的な記憶はあります。育児をしていると、理由がわからないこともありますね。
育児は、長い長いお付き合いですから、仕方ないなぁーと思いながら、やっていくしかない事がたくさんあります。
焦らずに、淡々とお風呂をこなしてよいですよ。