インフルエンザ予防接種

現在、1歳１ヶ月の女の子を育てています。
7月半ばから保育園に通いはじめ、軽い風邪から、肺炎まで、沢山の病気をもらいとても心配です。
8月半に肺炎で入院 してから、咳が重くなったり軽くなったりを繰り返しなかなか治らず病院に通ったりもしています。
今日まで、熱も何度かでました。 
あまりに治りも遅いしすぐ酷くなるしで9月半ばから保育園はおやすみさせています。
やっと咳も少しづつですが、落ち着いてきましたので定期の予防接種を受け、次インフルエンザ予防接種は10月後半じゃないと接種ができません。
咳も良くなってきましたが、保育園に連れていくと絶対インフルエンザ予防接種を受ける前にまた風邪をもらうと思います…
そこで、このままインフルエンザ予防接種を2回接種するまで保育園をおやすみさせるのが良いのか…
インフルエンザ予防接種を受けるためにわざわざおやすみさせる必要まではないのか…
どこに相談したらいいかわからず、こちらに相談させていただきました。 

また、こんなに保育園を休ませると、まだ人見知りも激しく完璧には慣れていないけれど、せっかく少しづつ泣く時間も減ってきたのに、保育園をまた酷く嫌がるようにならないかも、不安です… 
沢山すみません。
よろしくお願い致します。