インフルエンザの予防接種

こんにちは。
いつもありがとうございます。
たびたび失礼します。

3歳の娘と1歳の息子に、インフルエンザの予防接種をと考えています。そこで、いつも病気などで通っている小児科へ予約して行きました。
そこで、体温計をいつも測るようになっているのですが、お姉ちゃんはじっとしてくれるので測れるのですが、息子の方は動き回りたいのか、うまく測れずにエラーや体温が高く37度以上出てしまい、見送りとなってしまいました。

体温計は20秒以下の早く測れるものですが、それでも動きたい盛りの息子にどうやって測ったらいいか分かりません。病院では風邪で熱が出ていると考えられてしまいました。そして、お姉ちゃんは熱はなかったものの、一緒にいるということで、なんらかの病気をもらっているかも？ということで、娘も今回は受けられませんでした。

何かいい方法はないのか、と思いました。
よろしくお願いします。