母乳について

はじめまして。8ヶ月と7日の息子について相談させてください。
息子は完全母乳で育ち、体重は平均よりも大きめです。哺乳瓶は全く飲みませんでした。離乳食は現在2回食。牛乳ミルクアレルギーがあります。

今週初めに手足口病にかかりました。
喉の痛みで水曜からおっぱいを拒否するようになりました。  現在は搾乳して飲ませています。その際哺乳瓶を使ってみたらなぜか問題なく飲めるようになりました。
  水木とおっぱいを拒否していますが、離乳食は問題なく食べ、哺乳瓶、マグも問題なく飲んでいるので喉はもう治っているのかな？と私は思っています。 

説明が長くなり申し訳ありません。
相談内容です。
完全母乳だったので母乳は十分量が出ていると思いますが、搾乳してみると50mlぐらいしか取れません。冷凍保存分を足していますが、今まで哺乳瓶拒否だったため母乳の冷凍保存は80mlが5つしかストックがなくこのままおっぱい拒否が続くと足りなくなります。今もケチってあまりあげず機嫌が悪い状態が続いています。
おっぱいを拒否しているのは喉の状態がまだあまり良くなってないのでしょうか？それとも、哺乳瓶の楽さに気づいてしまったのでしょうか？
 このままおっぱい拒否のまま卒乳することもあるのでしょうか？ その際は離乳食だけではまだ栄養は足りていないですか？3回食にするのはまだ早いでしょうか？
ミルクアレルギー対応の粉ミルクを買ってあげるべきでしょうか？
搾乳だけで実際におっぱいを吸わせずにいると、徐々に母乳は出なくなりますか？ 
今までうんちは1日1.2回出てましたが2日間出ていません。やはり授乳が足りていないのでしょうか？

長くなり申し訳ありません。
よろしくお願いします。