耳について

生後68日の娘を育てています。
ここ最近、寝る前に寝ぐずりのように大泣きをするのですがその際に頭や耳を触る、掻くような仕草をします。 
特に鼻水が出ている訳ではないのですが、中耳炎という可能性はあるのでしょうか？ 
また生まれつき左耳に 耳瘻孔があるのですが１ヶ月検診では感染しなければ特に何もしなくても良いとのことだったのですがこれも関係しているのでしょうか？
泣いた時以外は触ることはないのですが、痛いのか痒いのか心配だったので相談させていただきました。