腐敗臭のするうんちについて

5ヶ月の赤ちゃんですが、1週間前突然腐敗臭のするうんちに変わり、その翌日から水分を多く含むゆるいうんちに変化しました。また、その日に突然の嘔吐があり、2時間前に飲んだ母乳を全部ではないかと思うくらい多く吐き戻してしまいました。
それ以降ゆるい腐敗臭のするうんち(3-4回/日)、嘔吐(0-1回/日や)や空嘔吐もみられるようになりました。
症状が始まった頃は活気がありませんでしたが、徐々に活気が戻ってきてはいます。でも母乳の飲みは悪く、以前の半分以下も飲んでいないように思います。(完母なので哺乳時間での感覚です)
そのためか尿量も以前より少ないです。

かかりつけ医に受診し、内服薬や坐薬をもらいましたが内服薬は嫌がり吐き出してしまう、坐薬はうんちで 出てきてしまい、お薬が体に取り込めていない状況です。
徐々にうんちに含まれる水分は減ってきているように感じますが、腐敗臭は継続していますし、母乳の飲みも悪いです。
医師は脱水は心配ないと言われましたが、尿量が減っているため心配です。  
どう対応したらよいのかわかりません。
このような症状の場合は、悪さをしている菌などが 体外に排出されるのを待つしかないのでしょうか。どのくらいの期間かかるものなのでしょうか。
先が見えずとても心配です。
教えていただけたら幸いです。よろしくお願いします。