2回食に減らした方がいいでしょうか？

以前もご相談させていただきました、こじかです。
9ヶ月半の息子が、今月から保育園に通い始め慣らし保育中です。今3回食ですが、保育園から2回食にするように言われたので相談させてください。
 食べるのが好きな子で好き嫌いもなく、9ヶ月になってから3回食にしていて、食べる量も普通か多いくらいでいたって順調です。
保育園では指定の食材が全て完了した中期食の給食が出されています。今慣らし保育中ですが、園から「朝か夜はミルクだけにして3回食ではなく2回食にしてください」と言われました。 理由としては
・2回食前提の量で提供しているため 
・2回食前提なのに3回食だと、消化機能が未発達なため下痢などお腹をくだす恐れがあるため
 今のところ給食は完食していて、家で3回食を始めてから下痢などもなく何より本人が食べることが好きなのに2回食にするのがかわいそうに思うのですが、やはり保育園のお願いに従った方がいいでしょうか？ 保育園に行き始めたばかりなので確かにストレスもかかってお腹の調子を壊す可能性も理解はできるのですが、アドバイスいただけると嬉しいです。よろしくお願いします。