赤ちゃんのお腹がグルグル鳴る

現在、もうすぐ3ヶ月になる赤ちゃんがいます。
生後1〜2ヶ月過ぎまでずっと綿棒浣腸で排便していたのですが、生後2ヶ月過ぎに予防接種を打ってから、4日ほど自然の下痢の排便になりました。
その後再度綿棒浣腸での排便に戻ったのですが、この3.4日ほど、また柔らかい便がおならとともに出るようになりました。（量は少ないので、綿棒浣腸も行っています）
柔らかい便がまた出るようになってから、お腹がグルグル鳴っているのが気になるようになりました。
普段の様子は変わりないのですが、一度寝かけていたときにグルグルとなって、泣きそうな顔をして目覚めてしまったことがあり、やはり不快なのかな、と心配になっています。特に授乳中にもグルグル鳴っています。
腸内環境が整うまで待つしかないでしょうか。また、本人にとって不快感はあるのでしょうか。
今のところ完母で育てているので、私の食事なども影響しますか？
何かしてあげられることはあれば、教えていただきたいです。よろしくお願いいたします。