ミルク途中で泣いてしまって飲まない

初めて相談させていただきます。
生後2ヶ月の娘についてです。
混合で育てています。(母乳は搾乳のため、ミルクだけの回、搾母乳だけの回、と、交互にあげているようなイメージです。1日の総量は半々です)

9/1  14:00 初めての予防接種
9/2  6:00 38.4℃の発熱
　　10:00 受診(副反応の可能性は高いが感染症も否定は.    できないので次の日も受診が必要と言われる)
          22:00頃解熱(熱がある間のミルクはいつも通り飲む)
9/3  6:00頃のミルクから飲みながら泣く
　　10:00 再診(副反応で確定、所見なし)

時系列はこのようになっています。
体重は5500グラムです。
9/3までは一度に120〜140mlを6〜7回飲んでいました。

解熱してからミルクや母乳をあげると、最初は勢いよく飲むものの、少しすると乳首から口を離して大泣きし始めます。根気強くまたあげますが、同じことの繰り返しです。
何度か繰り返して、泣いて飲まなくなってしまったらあげるのをやめ、トントンしているとだんだんとおさまり、そのまま寝ます。
うんちは、1日1回必ず出ていたものが、予防接種直前に1日半に1回となり、9/2 23:00に出て以降、今も出ていません。

なんとか一度に90〜110ml飲んでくれていますが、症状が心配です。どこかが痛いなどのサインでしょうか。

長くなりすみません。
よろしくお願いします。